Am Samstag den 13.April 1996 fand die Gründungsversammlung mit 10 Gleitschirmfliegern im Hotel Peterchens Mondfahrt auf der Wasserkuppe statt. Bereits im Juni 1996 wurde der Verein Frammersbacher Gleitschirmflieger in das Vereinsregister eingetragen. Der noch junge Verein konnte bereits im August 1996 den Heuberg in Frammersbach als Flugberg zulassen. Im Oktober 2001 wurde nach langwierigen Verhandlungen der Mäusberg in Karlburg genehmigt, jedoch mit einer Brutsperre vom März bis Juli. Im Jahr 2002 konnte mit dem Drachenfliegerclub Gössenheim ein Erprobungsbetrieb für Gleitsegel am Grainberg vereinbaren werden welcher dann im Juli 2004 zur Freigabe des Flugberges für den Verein führte.

Der Verein ist in den Jahren weit über Frammersbach hinaus angewachsen. Deshalb wurde in der Jahreshauptversammlung 2006 eine Namensänderung beschlossen und gleichzeitig die Vorstandschaft neu gewählt. Der neue Name Gleitschirmflieger-MainSpessart soll Sinnbild für die Weiterentwicklung des Vereins, neue Fluggebiete und kontinuierliche Weiterentwicklung des Flugsports sein. In den folgenden Jahren wurde der Sitz des Vereins nach Karlstadt und die Geschäftsstelle nach Würzburg verlegt.

In 2005 wurde ein kleiner Übungshang zugelassen, der Flugbetrieb ist jedoch durch die landwirtschaftliche Nutzung nur zeitweise möglich. Die Sperrzeit am Mäusberg von März bis Juli wurde nach mehrjährigen ornithologischen Gutachten und Gesprächen mit den Naturschutzbehörden im Jahr 2012 aufgehoben und durch Schutzzonen ersetzt. Auch die Sperrzeit am Tiertalberg von Januar bis August wurde im Jahr 2009 aufgehoben und ebenfalls durch eine Vogelschutzzone ersetzt.